2002年3月までに大学院へ進学した者のうち、商学の学位（修士または博士）を持つ者は会計系の科目（簿記論、財務諸表論）の試験が免除され、法学、または経済学のうち財政学の学位（修士または博士）を持つ者は税法系の科目（選択必修及び選択科目）の試験が免除されていた。
しかし2002年4月1日以降に大学院へ進学した場合、修士号取得者については、会計系ならば会計に関する修士論文を、税法系ならば税法（租税体系・法人税・所得税・消費税など）に関する修士論文を作成し、かつ、関係する科目1科目を合格することが、免除を受ける要件となった。つまり、例えば商学の修士号を持っている者は、会計に関する修士論文を作成しており、かつ簿記論又は財務諸表論のどちらかに合格することにより、もう片方が免除されるのである。なお、論文審査があるため、修士論文を作成していない者や、税理士試験と関係のない研究をした者は、例え修士号を取得しても試験は免除されない。
また、博士号取得者については、会計学に関する研究により学位を取得した者は会計系の科目2科目が、税法に関する研究により学位を取得した者は税法系の科目3科目が、それぞれ免除されるようになった。
